気がついたら今年も終わりという……．なんとなく発想力が落ちてきたような気がする今日このごろ．
パリで連続テロがあったようですが，東京だとテロの実績のある左翼系団体や新興宗教とかあるんでアレですね．
書いた日: 2015年11月4日
ふと，水銀二量体Hg2の結合エネルギーが気になったので計算してみました．ORCA 3.0.3のTPSS-D3(BJ)/def2-QZVPレベルで計算を行ったところ，結合長3.5267Å，-1.52 kcal/molと出ました．6s2ということで，ヘリウム様の閉殻構造と相対論効果で原子間相互作用が弱くなっているのでしょう．
書いた日: 2015年10月24日
NWChem 6.3で酢酸ベンジルの構造最適化（B3LYP/6-31G(d)）を行うと798.3秒（36ステップ）かかっていましたが，NWChem 6.6だと498.3秒（19ステップ）で終わりました（ちなみにNWChem 6.5では797.1秒（36ステップ））． ステップあたりの時間は遅くなっても，ステップ数が少なく済んで速く終わるという．Change logには構造最適化関連のことは書いてなかったような気がしますが，たまたま?
気づいたらNWChem 6.6がリリースされてた．OpenMPI 1.6系でないとコンパイルできないのは自分の環境だけかしらん．
ノーベル化学賞のDNA修復，原子力発電所の事故もあったから少しは話題になるかと思ったら全然話題になっていなくて日本らしさを感じる．
書いた日: 2015年9月20日
8月末にリリースされていたようですが，DFT-NLのシングルポイント計算ができるようになっています．
書いた日: 2015年8月20日
ベンゼンから隣り合う水素が抜けて結合が一つ三重結合になった化学種はベンザインと呼ばれますが，ベンゼン以外のアリール類から生じる同様な化合物はアリーンと呼ばれます．最近になって，このアリーンをAFMで観察したところ三重結合というよりは二重結合が連なったクムレン様構造であるということが報告されました．
が，観察した分子は共役系がベンゼンに比べて広がった化合物であり，ベンザインでも同様なのかは気になるところです．という訳で，早速計算しました (U-BHHLYP/6-31G(d)レベル)．
ベンザインは教科書通りの構造でした．……というか，AFMで観察した大きな分子はベンザインと比べて結合長が大分変わっており，縮合した大きな芳香環の影響はそれなりにあるようです．AFMで直接見たから他の分子でもと安直に理解するのはよろしくなさそうです．
書いた日: 2015年7月20日
NWChemにはNudged Elastic Band (NEB)法とZero Temperature String法という反応経路探索法が組み込まれていますが，今回NEB法を用いてヨードベンゼンのPdPH3への酸化的付加を計算してみました．計算レベルはrevPBE/def2-SVPで，計算を早くするために積分グリッドをSG-1相当にしています．結果は下図のとおりです．
Beadsを40点にしていますが，Xeon E5 v2 2.2GHz，20 coreで丸一日くらいかかりますね．
書いた日: 2015年7月14日
相変わらずTop層は代わり映えしないなと思ったら，さり気なくサウジの王立大学（KAUST）がTop 10に入っていたという．ただしCray製．
博士課程の時より就職した後のほうが余暇時間は増えてるのですけどね．気力は落ちてますね．
Windowsはよく知らないのですが，TCP/IP関連はさすがにLinuxと同じようなものだった．
ここ最近初期不良に当たることが多い気がする．
GaussianやFireflyよりもGAMESSのほうが速い計算に遭遇したのでGAMESSは遅いという先入観は捨てました．
ジャーサラダとか言って，ボトルにカットした野菜を詰めて保存するのが流行っているらしいですが，一般家庭のキッチンの衛生レベルでそんなことやったら食中毒になるのでやめておいたほうがいいでしょう．最悪死にます．
GAMESSでanalytic Hessianが使えるようになったので試してみたら全然計算が終わらない件について．
いつのまにかSMASHのver 1.1.0がリリースされていましたが，前のバージョンで1155秒かかっていた計算が，303秒で終わりました．MPIを使うようになったからだと思いますが，フリーソフトでは高速な方なので今後に期待です．
書いた日: 2015年2月19日
暇だったので，ポルフィリンの窒素をリンに置き換えて構造最適化計算をしてみました．理論はrevTPSS/def2-TZVPです．
リンで置換すると平面性が失われたり，水素が環平面の上下方向を向いたりするようです．
マウスのホイールクリックが効かなくなって大変不便．
書いた日: 2015年1月25日
ようやくGAMESSの新バージョンが出ました．FMO関係の強化やCEPAなどの電子相関法（MR含む），DFTBなどが入ったようです．
書いた日: 2015年1月20日
ORCA ver. 3からRIJCOSXにoverlap fittingが適用されているのだが，この有無によって構造が変わってくる．
簡単な例は，RIJCOSX-B3LYP-D3(BJ)/TZVPでのベンゼンとTCNEのダイマー(積分グリッドは!Grid6 GridX6 NoFinalGrid)．
上から眺めるとoverlap fitting適応時（標準）ではベンゼン環とTCNEの二重結合がねじれてスタックするのに対し，NoSFittingで無効化すると平行に並ぶという．感覚的には無効化した時のほうが正しい気が……．
書いた日: 2015年1月2日
あけましておめでとうございます．昨年はあまり更新できませんでしたが，代わりに論文が出ました．まあ，そういうものです．